Nákladné vlaky, do ktorých nahnali mužov, ženy, starcov i deti, väčšinou smerovali do Uzbekistanu, kam bolo deportovaných 150 000 ľudí. Ďalšie destinácie predstavovali Kazachstan, Ural, Sibír a niekoľko ďalších častí Ruska. Deportácie sa začali skoro ráno a akcia trvala 60 hodín. Každá rodina si smela vziať dohromady 500 kilogramov osobných vecí, na ich zbalenie však mala len pol hodiny. Deportácie zabezpečovalo 5 000 členov tajnej polície, 20 000 príslušníkov ministerstva vnútra a niekoľko tisíc vojakov.
Vysídlenie krymských Tatárov nariadil výnos vtedajšieho šéfa ministerstva vnútra Lavrentija Beriju. „Po oslobodení (krymského) polostrova sovietske jednotky zatkli vyše tisíc kolaborantov s Nemeckom. Väčšina z nich patrí k tatárskemu národnému výboru,“ napísal v apríli Berija Stalinovi a dodal, že počas roka 1944 prebehlo k Nemcom 20 000 krymských Tatárov. Stalinovi to stačilo a v rovnakom duchu sa niesol jeho výnos z 11. mája, ktorý deportácie nariadil. Podľa historikov bol počet „prebehlíkov“ nižší a niekoľko desiatok tisíc krymských Tatárov bojovalo naopak v radoch Červenej armády. Do vyhnanstva však poslali všetkých.
V prvých rokoch exilu zahynulo 40 percent deportovaných, mnoho mŕtvych si vyžiadali samotné transporty. Na miesto pôvodného obyvateľstva boli presídlené státisíce ľudí z Ruska, Ukrajiny alebo Bieloruska a na krymských Tatárov sa pozeralo ako na druhoradých občanov a niekedy aj zločincov.
Okrem údajnej kolaborácie s nacistami historici uvádzajú aj ďalšiu zámienku a dôvod pre deportáciu krymských Tatárov. V očiach Stalina totiž predstavovali etnickou i historickou spriaznenosťou s Tureckom potencionálnu piatu kolónu pri prípadnom konflikte s bývalou Osmanskou ríšou.
Kremeľ moslimských Tatárov rehabilitoval až v roku 1967, navrátilci však doma neboli vítaní a väčšinou sa dočkali druhých deportácií. Plný návrat domov im Kremeľ umožnil až v druhej polovici 80. rokov počas „perestrojky“ Michaila Gorbačova. Teraz, po ruskej anexii Krymu, mnohí z nich opäť čelia perzekúciám zo strany úradov.